Janko lancierte seine Karriere als 23-Jähriger bei RB Salzburg und wurde in der Saison 2008/09 Torschützenkönig der österreichischen Liga. Danach spielte der 1,96 Meter grosse Stürmer beim niederländischen Verein FC Twente Enschede, dem portugiesischen Klub FC Porto und in der Süper Lig bei Trabzonspor, ehe er in Australien zum Kader des FC Sydney stiess.
Die neue sportliche Führung des FC Basel betont, dass die Trennung von Marc Janko nichts mit dessen Leistungen zu tun hat. Sie hat sich aber entschieden, die Offensive personell anders zu besetzen.
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