Der 35-fache Schweizer Internationale trug von 1998 bis 2005 in 112 Pflichtspielen das Trikot des Stadtclubs. Im Jahr 2005 wechselte Gygax vom FC Zürich nach Frankreich, wo er für Lille und Metz spielte. Später stand er in Deutschland beim 1. FC Nürnberg unter Vertrag.
Nach Abschluss seiner Profi-Karriere begann Gygax seine Trainerausbildung, die er nun in der FCZ Academy weiterführen wird.
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