Seine Karriere lancierte der linke Aussenverteidiger bei Sparta Prag, für die er in der Saison 2011/12 auch in der höchsten Liga Tschechiens, der Fortuna Liga, debütieren konnte. Nach einer kurzen Ausleihe zum FK Senica wechselte Frydek im Januar 2013 zum FC Slovan Liberec, für welchen er die kommenden zweieinhalb Spielzeiten absolvierte. Auf die Saison 2015/16 kehrte Martin Frydek zurück zu Sparta Prag und wurde, unter anderem auch als Kapitän, zu einem wichtigen Bestandteil des tschechischen Spitzenklubs den er unter anderem auch 20 Mal in der UEFA Europa League vertrat.
Der siebenfache Nationalspieler Tschechiens wechselt ablösefrei zum FC Luzern und wird mit der Nummer 13 für Blauweiss auflaufen. Nach Ablauf der häuslichen Quarantäne wird Martin Frydek am kommenden Dienstag das Training im Team von Fabio Celestini aufnehmen.
«Martin Frydek ist ein interessanter und sehr erfahrener Spieler», gibt FCL-Sportchef Remo Meyer anlässlich der Vertragsunterzeichnung zu Protokoll. «Dank seinen technischen Fähigkeiten und seinem Offensivdrang wird er für uns auf der linken Seite zusätzliche Qualitäten ins Team bringen.» Auch Martin Frydek zeigt sich begeistert vom Transfer in die Schweiz: «Ich bedanke mich beim FC Luzern für die Möglichkeit, hier spielen zu dürfen. Die Gespräche mit den Verantwortlichen haben mich davon überzeugt, den Wechsel zu vollziehen. Ich freue mich nun darauf, demnächst mit meinen neuen Teamkollegen alles dafür zu tun, um eine möglichst erfolgreiche Saison bestreiten zu können.»